Metody bioinformatyczne w funkcjonalnej interpretacji ludzkiego mikrobiomu jelitowego

Jakub Wojciechowski

Sano – Centrum Zindywidualizowanej Medycyny Obliczeniowej, Kraków

Mikroorganizmy zasiedlające jelita tworzą niezwykle złożony ekosystem, który zdolny jest wpływać na wiele sposobów na nasze zdrowie. Przez wiele lat badania ludzkiego mikrobiomu jelitowego skupiały się na identyfikacji występujących w nim gatunków bakterii i grzybów. Choć podejście to zaowocowało odkryciem licznych powiązań między mikrobiomem, a występowaniem poważnych chorób, często okazuje się, że wnioski są specyficzne dla danej populacji lub grupy osób. Ten brak generalizowalności wyników zwykle związany jest z dużą zmiennością mikrobiomu jelitowego, zarówno w czasie jaki i pomiędzy różnymi populacjami. Rozwiązaniem tego problemu może być analizowanie mikrobiomu od strony funkcjonalnej, a nie koncentrowaniu się na obecności lub brak poszczególnych gatunków. W naszej pracy skupiamy się na opracowaniu nowych metod bioinformatycznych opartych na funkcjonalnej notacji białek pozwalających badać funkcjonalny potencjał bakterii kolonizujących nasze jelita.

---

Postdoc w zespole dr Tomasza Kościółka w Sano – Centrum Zindywidualizowanej Medycyny Obliczeniowej w Krakowie. W swojej pracy skupia się na rozwoju i wykorzystaniu zaawansowanych metod bioinformatycznych do funkcjonalnej interpretacji mikrobiomu człowieka. Członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego. Uzyskał stopień doktora na Wydziale Podstawowych Problemów Techniki w dyscyplinie Inżynieria Biomedyczna. Zdobywał doświadczenie na zagranicznych stażach między innymi w Max Planck Institute for Multidisciplinary Research, Universite de Lorraine czy Institut Pasteur.