Personalizacja leczenia nowotworów kobiecych oparta na profilowaniu genetycznym metodą NGS

Marzena Wojtaszewska^1,2, Pępek Monika^1,2
¹ Uniwersytecki Szpital Kliniczny w Rzeszowie, ul. Szopena 2, 35-055 Rzeszów, Polska
² Wydział Medyczny, Collegium Medicum Uniwersytetu Rzeszowskiego, ul. Warzywna 1a, 35-310 Rzeszów, Polska

Na raka piersi, jajnika i trzonu macicy zapada łącznie ok. 31 tysięcy kobiet, co stanowi 35% wszystkich nowotworów złośliwych u płci żeńskiej [1]. U podłoża genetycznego części z tych nowotworów leżą defekty mechanizmów naprawy DNA, których identyfikacja pozwala na zastosowanie nowoczesnego leczenia. Wykrycie specyficznych mutacji genetycznych pozwala także na stratyfikację ryzyka u pacjentek i deeskalację intensywności terapii w niektórych przypadkach [2,3]. Dzięki zastosowaniu metody sekwencjonowania następnej generacji diagnostyka wymienionych nowotworów jest możliwa do przeprowadzenia za pomocą pojedynczego, niewielkiego panelu NGS z wykorzystaniem technologii krótkich odczytów. 

Panel typu hybrid-capture NGS dla 10 genów związanych  z patogenezą nowotworów kobiecych (BRCA1, BRCA2, POLE, POLD1, CTNNB1, TP53, MSH2, MSH6, MLH1, PMS2) obejmował pełne sekwencje kodujące wymienionych genów. Walidacja zaprezentowanej metody została wykonana na 20 próbkach raka endometrium (materiał utrwalony, 12 próbek retrospektywnych i 8 prospektywnych) oraz na  4 próbkach retrospektywnych od pacjentek chorujących na raka piersi (krew obwodowa). Próbki do analiz retrospektywnych wytypowano na podstawie wyniku badania wykonanego w zewnętrznym laboratorium medycznym, w badaniu prospektywnym analizowano próbki nie poddane uprzednio diagnostyce. Wyniki badania NGS dla raka endometrium skorelowano z wynikami badania immunohistochemicznego ekspresji genów dMMR (MSH2, MSH6, MLH1, PMS2) oraz genu TP53.  

W wyniku analizy wykryto łącznie 38 wariantów patogennych, uzyskując 97% zgodność wyników. W przypadku uszkodzenia genów dMMR nie uzyskano założonej głębokości pokrycia dla wszystkich eksonów badanych z uwagi na wysoką zawartość sekwencji repetytywnych (w przypadku MSH2, MSH6). Z uwagi na brak wykrytych wariantów w genie PMS2 i przez wzgląd na obecność pseudogenów dla sekwencji tego genu odstąpiono od walidacji przydatności metody do diagnostyki tego genu do czasu pozyskania próbek z potwierdzonym zmutowanym statusem PMS2. Porównanie wyników badania immunohistochemicznego i molekularnego dało zbliżoną do raportowanej w literaturze zbieżności wyników (zgodność 90%, 18/20 wyników).

Wnioski: Sekwencjonowanie następnej generacji jest przydatnym i rzetelnym testem diagnostycznym do wykrywania istotnych klinicznie wariantów genetycznych w nowotworach złośliwych BRCA-zależnych oraz w raku trzonu macicy. Metoda NGS pozwala na jednoczasową detekcję zmian molekularnych, umożliwiających personalizację leczenia i stratyfikację pacjentek do grup rokowniczych.

Bibliografia: 

 Corr B, Cosgrove C, Spinosa D, Guntupalli S. Endometrial cancer: molecular classification and future treatments. BMJ Med. 2022 31;1(1):], e000152.

Wojciechowska U, Barańska K, Miklewska M, Didkowska JA. Cancer incidence and mortality in Poland in 2020. Nowotwory. Journal of Oncology 2023, 73(3), 129-145.

Turk AA, Wisinski KB. PARP inhibitors in breast cancer: Bringing synthetic lethality to the bedside. Cancer. 2018;124(12), 2498-2506.

---

Dr n. med. Marzena Wojtaszewska jest diagnostą laboratoryjnym, specjalistą laboratoryjnej genetyki medycznej i medycznej genetyki molekularnej. Posiada certyfikat European Board of Medical Geneticists. Kierownik Klinicznego Zakładu Diagnostyki Molekularnej Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego w Rzeszowie. Adiunkt Wydziału Medycznego Uniwersytetu Rzeszowskiego. Od 18 lat zajmuje się genetyką nowotworów, od 6 lat rozwija technologię NGS zarówno od strony laboratoryjnej, jak i bioinformatycznej.